生物有机肥料兼具生物肥料和有机肥料的特点，其作用原理是施入土壤的生物有机质经微生物的一系列生命活动，达到改善土壤、培肥地力、促进植物生长、抗病防虫作用。生物有机物肥有如下特点。
1.养分全面。配方科学
商品化生产的生物有机肥料一般是以有机物质为主体，配合少量的化学肥料，按照农作物的需肥规律和肥料特性进行科学配比，与生物“活化剂”相组合，除含有氮、磷、钾大量营养元素和钙、镁、硫、铁、硼、锌、晒、钼等中微量元素外，还含有大量有机物质、腐殖酸类物质和保肥增效剂，养分非常全面，速缓相济，供肥均衡，肥效持久。
2.活化土壤，增加肥效
生物有机肥所含有益微生物能有效改善土壤微生态系统，具有协助释放土壤中潜在养分的功效。单纯使用氮肥，由于挥发、淋湿、反硝化、径流等原因，利用率只有30%~50%，且造成地下水的污染，而采用生物有机肥与无机肥混用的办法可大大提高氮肥的利用率，无机磷施入土壤中容易产生不溶性化合物，利用率很低，而施用生物有机肥后，有机酸可与钙、镁、铁、铝等金属形成稳定的络合物，从而减少磷的固定，明显提高磷的利用率，一般可减少化肥使用量20%~30%；对土壤中钾的转化率亦提高到8%~16.6%。
3.培肥地力
施入生物有机肥后可以大量增加土壤有机质含量，有机质经微生物分解后形成腐殖酸，其主要成分是胡敏酸，它可以使松散的土壤单粒胶成土壤聚体，使土壤容量变小，孔酸度增大，易于截留吸附渗入土壤中的水分和释放出的额营养元素离子，使有效养分元素不易被固定。同时生物有机肥中的微生物活体施入土壤后，使土壤中酶活性显著增加，促进土壤难溶性矿物质养分的释放。
4.无污染、无公害，使用安全
生物有机肥是天然有机物质与生物技术的有效组合。它所含有的菌剂，具有加速有机物质分解作用，为作物制造或转化速效养分提供动力，同时菌剂兼具提高化肥利用率和活化土塘中潜在养分的作用。由于处理过程物料得到了彻底的腐熟，其中的病毒、病毒、病菌、虫卵、杂草种子等被杀灭。减少了农药用量，同时施入土壤后不会产生二次发酵而烧根苗。生物有机肥经过二次发酵，不会产生肥料未腐熟的烧根、烧苗现象。
5.提高产品品质，降低有害积累
由于生物复合肥中的活菌和保肥增效剂的双重作用，可促进农作物种硝酸盐的转化，减少农作物硝酸盐的积累，与施用化学性糖可提高1~4度。产品口味好、保鲜时间长、耐储存。
6.抑制土传病害
生物有机肥能促进作物根际有益微生物的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
