在灌溉施肥的管理中，肥料的选择和灌溉水质是两个最重要的需要考虑的方面。影响灌溉施肥操作的水质因素主要有离子组成、盐碱化程度、pH、碳酸氢根浓度和氧化还原反应电位。
考虑灌溉施肥水质的重要性主要有两个方面：
1，灌溉水质对植物营养的影响。
2，灌溉施肥系统中肥料和水的交互作用。
虽然所有的灌溉水源的质量都对植物营养又影响，但是下面两种水源的灌溉水质特别重要：
1，含盐总量很高和以钠离子与氯离子等特定离子毒害的盐水作为灌溉水源的。
2，经无害化处理过的含有营养成分和较高盐分浓度的中水。
一，淹水灌溉
盐水作为灌溉水源常常在干旱、半干旱地区。不同的植物种类和品种对溶液盐分的敏感度不同。灌溉施肥中，灌溉水中硝态氮的浓度为5--10mmol/L，可以减少灌溉水中盐分对作物的危害。
二，中水灌溉
中水用于灌溉农田的主要驱动力来自于以下两点：
1，在干旱和半干旱地区，中水是非常重要的水源，中水提高了1个国家或者地区的水资源量。
2，中水用于灌溉提供了一种非常重要的保护人类健康和防止环境污染的方法。
