一个优良的菌种被选育出来以后，要保持其生产性能的稳定、不污染杂菌、不死王，这就是需要对菌株进行保藏。
一，菌种保藏的原理
菌种保藏主要是根据菌种的生理、生化特性，人工创造条件使菌体的代谢活动处于休眠状态。保藏时，一般利用菌种的休眠体，创造最有利与休眠活动的环境条件，如低温、干燥、隔绝空气或氧气、缺乏营养物质等，使菌体的代谢活性处于最低状态，同时也应考虑到方法经济、简便。由于微生物种类繁多，代谢特点各异，对各种外界环节因素的适宜能力不一致，一个菌种选用何种方法保藏较好，要根据菌体情况而定。
二， 菌种保藏方法
1. 斜面低温保藏法 本方法是利用低温降低菌种的新陈代谢，使菌种的特性在短时期内保持不变。将新鲜斜面上长好的菌体或孢子，置于4度冰箱中保存。一般的菌种均可用词方法保存1~3个月。保存期间要注意冰箱的温度，不可波动太大，不能在0度以下保存，否则培养基会结冰脱水，造成菌种性能衰退或死亡。
2. 液体石蜡封存保藏法 在斜面菌种上加入灭菌后的液体石蜡，用量高出于斜面1cm，使菌种与空气隔绝，试管直立，置于4度冰箱保存。保存期约1年。此法适用于不能以石蜡为碳源的菌种。液体石蜡采用蒸汽灭菌。
3. 固体曲保藏法 这是根据我国传统制曲原理加以改进的一种方法，适用于产孢子的真菌，该法采用麸皮、大米、小米或麦粒等天然农产品为产孢子培养基，使菌种产生大量的休眠体后加以保存。该法的要点是控制适当的水分。例如在采用大米保藏孢子时，先取大米充分吸水膨胀，然后倒入搪瓷内蒸15min，最后抽查含水量，合格后备用。将要保存的菌种制成孢子悬浮液，取适量加入已灭菌的大米培养基中，敲散拌匀，铺成斜面状，在一定温度下平培养，在培养过程中要注意翻动，待孢子成熟后，取出置冰箱保存，或抽真空至水分含量在10%以下，放在盛有干燥剂的密封容器中低温或室温保存。保存期为1~3年。
4. 沙土管保藏法 本方法是用人工方法模拟自然环境使菌种得以栖息。使用于产孢子的放线菌、霉菌以及产芽孢的细菌。沙土是沙和土的混合物，沙和土的比例为3:2或1:1，将黄沙和泥土分别洗净，过筛，按比例混合后，装入小试管内，装斜高度约为1cm，经间歇灭菌2~3次，灭菌烘干，并作无菌检查后备用。将要保存的斜面菌种刮下，直接与沙土混合；或用无菌水洗下孢子，制成悬浮液，再与沙土混合。混合后的沙土管放在盛有五氧化二磷或无水氧化钙的干燥器中，用真空泵抽气干燥后，放在干燥低温环境下保存。此法保存期可达1年以上。
5. 冷冻干燥法 此法的原理是在低温下迅速地 将细胞冻结以保持细胞结构的完整，然后在真空下时水分升华。这样菌种的生长和代谢活动处于极低水平，不易发生变异或死亡，因而能长期保存，一般为5~10年。此法适用于各种微生物。具体的做法是将菌种制成悬浮液，与保护剂混合，放在瓶内，用低温酒精或干冰使之速冻，在低温下用真空泵抽干，最后放真空瓶中存放，低温保存备用。
6. 液氮超低温保藏法 前面集中菌种保藏法，在保存过程中菌种都有不同程度的死亡，特别对一些不产孢子的菌体保存的效果不够理想。微生物在-130度以下，新阵代谢活动停止，这种环境下可永久保存微生物菌种。液氮的温度可达-196度，用液氮保存微生物菌种已获得满意的结果。液氮超低温保藏法简便易行，关键是要有液氮罐。低温冰箱等设备。该方法要点是：将要保存的菌种置于10%甘油或二甲基亚砜保护剂中，密封与瓶中，现将菌液降至0度，再以每分钟降低1度的速度，一直降至-35度，然后将瓶子放入液氮罐。
