目前，随着微生物工业原料的转换和新产品的不断出现，势必要求开拓更多的新品种，尽管微生物工业用的菌种多种多样，但作为大规模生产，对菌种侧有下列要求:原料廉价、生长迅速、目的产物产量高；易于控制培养条件，酶活性高，发酵周期较短；抗杂菌和噬菌体的能力强；菌种遗传性能稳定，不易变异和退化，不产生任何有害的生物活性物质和毒素，保证安全生产。微生物的资源非常丰富，广泛分布于土壤、水和空气中，尤以土壤中最对，有的微生物从自然界中分离出来就能被利用，有的需求对分离到的野生菌株进行人工诱变，得到突变株才能被利用，当前发酵工业所用的菌种总趋势是从野生菌抓向突变菌，自然选育转向代谢育种，从诱发基因突变转向基因重组的定向育种。由于发酵工程本身的发展以及基因工程的介入，藻类、病毒等也正在逐步地变为工业生产用的微生物。尽管如此，目前人们对微生物的认识还是十分不够。已经初步研究的不超过自然界微生物总量的10%左右，微生物的代谢产物据统计已超过一千三百多种，而大规模生产的不超过一百多种；微生物酶有近千种，而工业利用的不过四五十种。可见潜力是很大的。
微生物的特点是种类多，分布广；生长迅速，繁殖速度快；代谢能力强；适应性强，容易培养。工业生产中，也可根据微生物的特点选择适宜的微生物。
1. 一个菌种不是纯的群体，而是有一些变异株混合组成，这些变异株所占的比例决定该菌种的特性。一个由单菌落发育而来的菌种在固体培养基上分离，可以长出许多种形态培养特征的菌落。这些不同的菌落类型在代谢和生产繁殖速度等方面有一定差异。培养条件可以影响各变异影响个变异株在培养物中的比例而改变改菌种的特性。同一个菌种的单孢子分离在不同的培养基上，所生长出的单菌落，其形态培养特征显著差异，各种类型菌落所占的比例也不同。在开始菌种选育工作时，要研究单菌落的分离培养基，找出能呈现加多菌落类型的分离培养基。菌落类型和发酵产量之间存在着某种程度的相关性。在选中实践中，人们经过对菌落形态的考察，有意识地丢弃一些被认为是低产的菌落，挑选哪些可能是高产的菌落。
2. 菌种培养基可通过影响菌种的生理状况而影响发酵产量。菌种培养基营养过于丰富不利于孢子形成。因而影响发酵。菌种培养基营养贫乏也同样不利于发酵。因为菌种在营养贫乏的培养基中多次代传。会使菌体细胞内缺乏某些生长因子而衰老甚至死亡。因此，自然选育或菌种培养所用的培养基应选择具有菌种传代生产能力下降不明显、菌体不易衰老和姿容的正常形态菌落、孢子丰富的培养基。
3. 在某些培养条件下，菌体的某些基因处于活化状态或阻遏状态，而使菌种的生理状态改变。这种改变可能以类似于生理性迟延或细胞分化的机制保持较长一段时间。
