由于微生物肥料不仅为作物提供营养元素，更重要的是其中的微生物的代谢对于刺激和调控作物生长。改善作物营养、提高产品品质有着十分良好的作用，有的微生物还具有防病虫害的作用。因此，世界上许多国家都把研究和开发微生物肥料及制品作为一项长远的计划。
目前有100多个国家生产和应用微生物菌肥，菌肥种类也在不断扩大。我国微生物肥料的研究、生产和应用曾有过3次大的起伏，进入20世纪90年代以来形成第4次大的发展，基本上形成了具有500家企业、年产量500万吨的微生物肥料行业，今年来微生物肥料有了快速的发展，通过农业部获得临时登记证的产品已近400个，其中转为正式登记的产品有100多个，应用面积累计约1亿亩以上，目前，微生物肥料产品已有11个大类品种，包括根瘤菌菌剂、固氮均居、磷细菌菌剂，硅酸盐细菌菌剂促生菌剂，光合细菌菌剂，放线菌剂，有机物料腐熟剂，生物修复制剂以及符合微生物肥料和生物有机肥。
菌肥制剂有许多剂型，归纳起来主要有以下9种:琼脂菌剂、液体菌剂、滑石粉、冻干菌剂、有感菌剂、浓缩冷冻液体菌剂、固体菌剂、颗粒接种剂、真空渗透接种剂。此外还有植物油剂和其他形成的颗粒接种剂，如多空石膏颗粒等。微生物肥料的剂型较多，根据其生产条件和实际应用，主要分为以下5种:
(1)固体粉状草炭剂型，这种菌剂以湿润草炭菌剂为主。将发酵好的菌液，按一定和菌液浓度和湿度与细草炭搅拌后，封存于塑料袋内。这是国际上最常用的菌剂。
(2)液体菌剂 有用发酵液直接分装的，也有分装后上部用矿油封面的，由于实验室和扩大培养接种，或直接施用。但是凡是以活菌起作用的液体剂型都应在近可能短时间内用完。
(3颗粒接种菌剂 这是为了避免粉状剂型拌种时与杀菌剂。化学化肥直接接触或者为提高微生物肥料的接种效果而采用的。采用20~50目过筛的草炭制备的颗粒与高浓度菌液混合，使草炭的含水量从原来的7%~8%上升到32%~34%。其用量较粉状剂大得多，具体情况下需采用的量需要菌体分析。
(4)浓缩冷冻液体菌剂 这是用高浓度的浓缩度的浓缩菌液分装，突然冷冻，并借助干冰将其保存在冷冻状态，在0度下至少可保存9个月，使用时，需在21h内一次融化。
(5)琼脂剂型 此外早期使用的一种剂型，用玻璃容器分装，由于运输使用不便，已较少采用。
