固体菌剂有单一菌剂和复合菌剂，单一菌剂只有一种微生物菌种，只能针对使用，例如如土壤缺氧，可以用固氮菌剂;土壤缺磷可用解磷类微生物菌剂。复合菌剂含有两种以上的微生物菌种，作用比单一菌剂前面，能够促进作物生长、改良土壤还能起到一定的防病作用，对各种作物都适用。使用菌剂时根据土壤肥力的不同可以选择不同可以选择不同类型的菌剂，使用方法都是一样的。
一，拌种
把适量菌剂倒入盆中，再倒入清水，菌剂与清水按1:1的比例混合，然后放入粮食作物种子，搅拌均匀，菌剂均匀地附着于种子表面，放置在阴凉地阴干后播种，这样能促进种子生长，减少病虫害，这种方法适合各种粮食种子。
二，浸种
把适量菌剂倒入盆中，再倒入清水，菌剂与水按1:2的比例混合，搅拌后把种子放入菌液中，搅拌，侵泡8~12h，捞出后阴干后播种，这样能提高种子发芽率，增强抗病能力。
三，蘸根
以红薯苗为例，将适量菌剂倒入盆中，倒入清水，菌剂与水按1:2的比例混合，合成浆糊状，将红薯根放入菌剂中侵泡10分钟左右，在栽植穴中浇水，再把蘸根后的红薯苗植入穴内，覆土。这种方法适用于有根的植物，在移栽时适用比较好，能够促进作物早生根，多生根，根系发达。
四，拌肥
微生物菌剂可以喝农家有机肥混合，做基肥或追肥适用，先将腐熟过的有机肥堆在地力，将适量菌剂倒在有机肥上，微生物菌剂与有机肥的比例为1:10，将菌剂与有机肥搅拌，每亩可用紧急10~20kg。要注意的是有机肥必须充分的腐熟后才能使用，否测会杀死菌剂中的微生物，将搅拌的肥料均匀的撒在地里，然后翻耕入土作基肥，这样能提高土壤的肥力。
五，拌土
微生物菌剂可以拌土使用，菌剂与土的比例为2:1。将适量菌剂倒入盆中，将筛过得细土按照2倍的量与菌剂混合，搅拌均匀，制作成营养土，可以撒施作基肥，也可以沟施做种肥，沟施时在整好的地里开沟，把营养土施入沟内，浇水，覆土，然后点种或下苗，这样能培肥地力，促进种子或苗木的生长。每亩可用菌剂10~20kg。
