微生物肥料的肥效发挥既受到自身因素的影响，如肥料中所含有有效菌数、活性大小等质量因素;又受到外界其他因子的制约，如土壤水分，有机质、ph值等生态因子，所以微生物肥料的选择和应用都应注意合理性。
一.微生物肥料的选择
现在市场上存在着多种微生物肥料，其中大部分微生物肥料对促进农业生产起到了重要的作用，但也存在着一些被利益驱动的不法分子，制造假冒伪劣的产品来扰乱市场。农民没有充分的科普知识和必要的仪器来检测肥料的真伪，因此在选择微生物肥料时要注意：
1。检验肥料是否获得农业部正式的登记许可证；
2。向当地有关从事土壤肥料的机构进行有关事宜咨询。
微生物菌剂用量少，主要起调节作用。微生物菌剂的使用原则是早、近、均，即使用时间早，离作物近、施用均匀。微生物肥料的施用方法一般有拌种、浸种、蘸根、基施、追施和穴施，以拌种最为简单、经济、有效。拌种方法是先将固体菌肥加清水调制糊状，或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分拌均，稍晾干播种，并立即覆土。种子需要消毒时应对菌肥乌海的消毒剂，同时做到种子小消毒后拌菌剂。目前很多农民并不了解微生物肥料的使用方法和试用范围，把微生物肥料当做化肥一样使用，从而使微生物肥料的作用得不到发挥，并由此怀疑生物肥料的可靠性其实微生物肥料和化肥是相辅相成的，但是现代生物技术发展水平的限制，微生物肥料不能取代化肥，农业生产中仍然以化肥为主，微生物肥料为辅。微生物肥料常常用于作物生产前期、最好与种子同时播种以确保两者能够同时发育，这样才能生长到植物根际中，而发挥作用。叶面喷施的微生物肥料，也应该在苗期早起应用，以便占据有效的生态位，而排斥病原并产生植物激素刺激植物生长。生产商和推广人员应该把正确的使用方法在销售过程中传给农民，使农民可以正确使用并发挥微生物肥料的最大的效益。喷施，液体微生物菌剂含有固氮菌，光合细菌等微生物，可以用做叶面喷施，给植物增加营养，促进光合作用，将液体菌剂与液体菌剂与水混合，比例与1:10，使用喷雾器给作物喷施，同在作物生长前期使用。由于阳光中紫外线有杀菌作用，所以施用时一般要避开中午前后的时间，选在阳光不太强的早晨或傍晚喷施，每亩作物用10~20kg菌剂
