目的微生物是指产品中含有的具有特定功能的微生物。微生物肥料施用的基本原则:有利于目的微生物生长、繁殖、及其功能发挥，有利于目的微生物与农作物亲和，有利于目的微生物与土壤环境相适应
一.通用技术要求
(1)产品技术要求 应选择获得农业部登记许可的合格产品。根据作物种类、土壤条件、气候条件及耕种方式，选择适宜的微生物肥料产品。对于豆科作物，在选择根瘤菌菌剂时，应选择与之共生截瘤固氮的产品。
(2)产品储存 产品应储存在阴凉干燥的场所，避免阳光直射和雨淋。
(3)产品使用 应根据需要确定微生物肥料的使用时期。次数及数量。微生物肥料宜配合有机肥施用，也可与适量的化肥配合使用，但应避免化肥微生物产生不利影响。应避免在高温或雨天施用。应避免与过酸、过碱的肥料混合施用，避免与对目的微生物具有灭杀作用的农药同时使用。
一.产品使用要求
(1)液体菌剂
1.拌种。将种子与稀释后的菌夜混拌均匀，或用稀释后的菌液喷湿种子，待种子阴干后播种。
2.浸种。将种子侵入稀释后的菌液4~12h，捞出阴干，待种子露白时播种。
3.喷施。将稀释后的菌液均匀喷施在叶片上
4.蘸根。幼苗移栽前将根部浸入稀释后的菌液中10~20min。
5.灌根。将稀释后的菌液浇灌于农作物根部。
（2） 固体菌剂
1.拌种。将种子与菌剂充分混匀，使种子表面附着菌剂，阴干后播种。
2.蘸根。将菌剂稀释后，在幼苗移栽前将根部浸入稀释后的菌液中10~20min。
3.混播。将菌剂与种子混合后播种。
4.混施。将菌剂与有机肥或细土混匀后施用。
（3）有机物料腐熟剂 将菌剂均匀拌入所腐熟物料中，调节物料的水分，碳氮比等，堆置发酵并适时翻堆。
（4） 复合微生物肥料和生物有机肥
1.基肥。播种前或定植前单或与其他肥料一起施入。
2.种肥。将肥料施于种子附近，或与种子混播。对于复合微生物肥料，应避免与种子直接接触。
3.追肥。在作物生长发育期间采用条、沟施、灌溉、喷施等方式补充施用。
