复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制造。由于作物生长发育需要多种营养元素，单一菌种、单一的微生物肥料已经不能满足现代化农业发展的需求。现在微生物肥料不仅仅由单一的菌种构成，而且趋向于复合微生物肥料。这里所说的复合是指两种或者两种以上的微生物或一种微生物与其他营养物质复配而成。现在出现的复合微生物肥料品种繁多，是指两种以上微生物菌种复合。不论使用何种微生物菌种、几种菌种生产，其菌种必须非要和我国产品的标准规定。而且有效活菌数：液体型不得低于10亿个每升，固体型不得低于2亿个每克，颗粒型不得低于1亿个每克，复合微生物肥料的成分中，出主体微生物外，含有其他基质成分的，其基质成分应有利于微生物肥料中肥菌体生存，决不能降低或抑制菌体的存活。
常见复合微生物肥料的种类
（1） 微生物-微量元素复合微生物肥料 微量元素在植物体内是酶活辅酶的组成成分，对高等植物叶绿素、蛋白质的合成和光合作用以及养分的吸收的利用方面起着促进和调节的作用，如元素铝、铁等是固氮酶的组成成分，是固氮作用不可缺少的元素。西南农业大学分别用铝、钨等做的胡豆田间试验以及中国农业科学院土壤肥力研究所的实验都证实了上述微量元素对共生固氮都有良好的增产效果。
（2） 联合固氮菌复合微生物肥料 由于植物的分泌物和根的脱落物可以作为能源物质，固氮微生物利用利用这些能源生活和固氮，因此称为联合固氮体系。这种联合固氮体系最早是在固氮菌中发现的。我国科学家从水稻中，玉米、小麦等禾本科植物的根系分离出联合固氮细菌，并开发研制微生物肥料，均有固氮，解磷、激活土壤微生物和在代谢中分泌植物激素等作用，可以促进作物生长发育，提高小麦单位面积产量。
（3） 固氮菌 固氮菌、磷细菌和钾细菌复合生物肥料 这种生物浪费可以供给作物一定量的氮、磷和钾元素。选用不同的固氮菌、根瘤菌、磷细菌和钾细菌，分别接种到各种菌的富集培养基上，在适宜的温度条件下培养，达到所要求的活细菌数后，再按比例混合，制成菌剂，其效果由于单株接种。
