(1) 全营养型 不仅给作物生长提供所需的氮、磷、钾和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌
(2) 肥效具有缓释的功效，提高肥料的利用率 在生产过程中，部分无机营养元素溶解后被有机质吸附络合在一起，形成有机态氮、磷、钾，进入土壤不易被流失和固定，化学肥料利用率可提高10%~30%，肥效可持续3~4个月。
(3) 疏松土壤，溶磷解钾，培养地力 肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机质营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了有害微生物群体的生存空间，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得松散和肥沃。
(4) 微生物菌在肥料中处于休眠状态 ，进入土壤萌发繁殖后，分泌大量的几丁质酶、胞外酶和抗生素等物质，可以有效裂解有害真菌的孢子壁、线虫卵壁和抑制有害菌的生长，有效地控制土传性病虫害的发生，起到防病防虫和抗重茬的功效。
(5) 生根壮苗，降低亚硝酸盐含量，提高品质，增产增收。微生物菌在土壤中繁殖后，产生大量的植物激素和有机酸，刺激根系生长发育，增强农作物的光合强度，作物生长根深叶茂，可有效提高作物果实的糖度，降低作物产品中硝酸盐及其有害物质的含量，提高品质，农作物可增产10%~30%。
(6) 加速土壤中有机质的降解，不仅为农作物生长提供更多有机营养物质，提高作物的抗逆性;同时还可以减少土壤中一些病原菌的生存空间。
4. 复合肥料的应用 多种菌种复配时，必须注意其中的各种微生物彼此之间没有拮抗作物，且最好有促进作用;最好还要选用同一菌种中具有侵染力强、截瘤率高、固氮效率高、适应性强、繁殖速度快、抗逆性强等有优点的多种菌株，以取长补短，互相促进。目前我国的多种复合肥料均属于此类。
复合菌肥只有在满足各种有益微生物生长发育的条件时，如有机质丰富。适量的磷肥、是以的酸碱度和水分、温度等，才能充分发挥其增产作用。复合菌肥可做基肥和追肥。施用时最好将菌夜到有机肥料中，混合后再用;也可将菌夜接种到少量的有机肥料中堆在一起1周左右，再掺入大量有机肥料使用。但拌后要立即施用，混配过久则会造成养分流失。
目前微生物肥料的发展正在由豆科接种剂向非豆科用肥方面发展;由接种剂向复合生物肥方面发展;由单一菌种制剂向复合菌种制剂发展;由功能项多功能方面发展;由无芽孢菌想芽孢菌种方面发展。可以预测。微生物肥料将在今后的持续农业发展中发挥更大作用。
