一，秸秆腐熟的机理。
在适宜的营养、温度、湿度、通气量和ph值条件下，通过微生物的繁衍，使秸秆分解，把碳、氮、磷、钾和硫等分解矿化或形成为简单的有机物和腐殖质。秸秆中纤维素、半纤维素占极大的比例，纤维素是葡萄糖的聚合物，由于结构特殊，因此由抵抗各种氧化剂的能力，只能被浓酸水解。微生物和对纤维素的作用，完全取决于微生物的功能和分解条件。纤维素的分解分两个阶段。第一阶段是在微生物分泌的纤维素酶的作用下水解，生成纤维糊精、纤维二糖，在纤维二糖的总用下生成葡萄糖。第二阶段是水解产物的发酵的过程。第二阶段好气微生物和厌气微生物的发酵产物有所不同。好气纤维分解菌能将纤维素完全分解。只产生CO2、一些粘液物质、色素和大量微生物细胞物质，30%~40%分解的纤维素可以转变成纤维素分解菌的细胞物质，嫌气性纤维分解菌则发酵成各种有机酸、酵类、二氧化碳和氢气。木质素是复杂的植物物质，是具有某些侧链的苯环结构，很难分解，一些细菌和高等真菌能把木质素的侧链及芳香环氧化，进而裂解木质素。在堆肥中有相当数量和木质素形成腐殖质，它是植物营养的存储库，也是土壤肥力的基础，半纤维素包括多种化合物，。在微生物的作用下，多糖水解成简单的单糖类等混合物，主要被真菌和细菌所分解。版纤维素也是微生物细胞物质的重要组成部分。
二，秸秆腐熟剂的研制开发。
微生物秸秆生物学转化的关键有：微生物降解木质素和纤维素；生产微生物单细胞蛋白，提高秸秆的营养价值；优化生产工艺。
三，快速分解秸秆微生物的筛选。
根据掌握的资料，针对性地采集样品，用恰当的培养基和适宜的培养条件分离筛选分解菌，尤其是降解木质素和纤维素的生物素。秸秆分解菌包括真菌、细菌和放线菌等微生物。就以细菌为例，分解秸秆的细菌在形态学上是及其不同，如果研究者停留在某一种分离细菌的方法上，当让只能分离出某一类的细菌。细菌有好氧、厌氧之分，一般厌氧细菌温度要求比较高，可根据预期目标采集样品，分离筛选定向细菌。可用分解纤维素的培养基配方或者是秸秆粉配方分离、筛选秸秆分解菌。真菌、细菌、放线菌都参与秸秆的分解过程，在分解过程中，就目前的资料分析，真菌的作用应排在首位，其次是细菌和放线菌，分解秸秆的真菌中也有好氧和厌氧，中温和高温之分，根据选定的目标，，选择恰当的培养基配方和样品的来源条件等，以期得到预期的菌株。
四，菌株的发酵培养。
1.首先筛选的培养基成分、培养条件，然后接种培养，反复筛选，找出分解能力强，生长速度快的高效菌株。
2.根据分类得到的菌株特性，单独或复合，在检验其分解能力，选定搭配组合。
3.假如能生产单细胞蛋白的微生物，提高截稿的营养价值。加入此类微生物后，它首先将秸秆中的营养物转化到菌体内，成为菌体蛋白；然后，利用大量培养微生物的方法，在它们生命过程中分泌有活性的蛋白酶，对秸秆原料中的蛋白质进行讲解，生成氨基酸，达到提高营养价值的目的。目前常用酵母类来作为首选。
4.研究腐熟剂发酵工艺，科学生成腐熟剂产品。发酵工艺研究包括培养基配方、ph值。温度、通气量等条件，研究剂型，选择适合的载体。
5.研究腐熟剂的最佳使用条件，然后进行小试、大试，综合评价高腐熟剂的效果。
6.利用基因工程的手段，构建分解秸秆某些酶基因的理想工程菌也是一个重要的方法。
