土壤中磷以有机磷和无机磷的形势存在，其中无机磷约占全磷含量的1/3-1/2，另外的1/2-2/3是有机磷。无机磷的形态主要有原生矿物和次生矿物两种类型，原生矿物有200多种，主要有磷灰石，次生矿物主要指化合态即沉淀态的磷酸盐，它分为闭蓄态和非闭蓄态两种类型。闭蓄态磷指磷酸铁和磷酸铝被氧化铁胶膜所包蔽，其活性低，供磷能力弱。目前多数学者认为磷细菌肥料的解磷机理主要有以下几条。
（1） 产生各类有机酸，降低环境中的ph值，使难溶性磷酸盐降解为有效磷；或认为有机酸可螯合闭蓄态Fe-P，Ai-PCa-P，使之释放有机磷。
（2） 产生胞外磷酸酶，催化磷酸酯或磷酸酐等有机磷水解为有效磷。磷酸酶是诱导酶，微生物和植物根对磷酸酶的分泌与磷酸盐的缺乏程度是正相关的，缺磷时其活性成倍增长。
（3） 微生物通过呼吸作用放出CO2，能降低它周围的ph值，从而硬气磷酸盐的溶解。某些细菌还可以释放H2S，他能与磷酸铁作用，产生硫酸亚铁和可溶性的磷酸盐。微生物腐解植物残体而产生胡敏酸和富里酸，这两种酸能与复合磷酸盐中的钙，铁，铝螯合，从而释放出可溶性磷素，他们还可以与铁，铝及磷酸盐形成稳定的可溶性复合物，这些复合物可以被植物吸收利用。
（4） 无机磷酸盐的氧化作用和还原作用。某些异养型磷细菌由于生存环境氧化状况的改变，能使不溶性无机磷酸盐转化为可溶性的亚磷酸盐和次磷酸盐。如丁酸梭状芽孢杆菌在机器潮湿呈厌氧状态的土壤环境中，可以将磷酸盐转化为亚磷酸盐和次磷酸盐
（5） 细菌细胞的固定与释放作用，可溶性磷酸盐进入生长中的细菌细胞内，然后被固定，当细胞死亡后，又从新释放并被植物吸收利用。一般细菌和放线菌积累的磷素略高于真菌。
