微生物肥料的功效与营销元素的来源，有效性，与作物吸收营养，水分和抗病虫有关。它利用微生物的生命活动来增加土壤中的氮素或有机磷，钾的含量，将土壤中一些作物不能直接利用的物质转换成可悲吸收利用的营养物质，或提高作物生长刺激物质，抑制植物病原菌的活性，从而提高土壤肥力，改善作物的营养条件，提高作物产量，期主要功能有以下几方面。
一．增加土壤肥力
这是微生物肥料的主要功效之一，各种自主，联合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源，其中多种溶磷，解钾的微生物，如一些芽孢杆菌，假单胞菌将土壤中难溶的磷钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷钾化合物。
二．协助农作物吸收营养
微生物肥料中最重要的品质之一是根瘤菌肥料，肥料中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在根上形成根瘤。根瘤菌类菌体利用豆科植物宿主提高的能力将空气中的氮转化为氨，进而转化成谷氨酸和谷氨酰胺类等植物能吸收利用的优质氮素。
AM真菌是一种土壤真菌，它与多种植物根系共生，其菌丝可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，其中已对磷的吸收最明显。研究发现，AM真菌对土壤中活动性，移动缓慢的元素如锌，铜等元素也有加强吸收的作用。除此之外，许多用作微生物肥料生产的微生物种类还产生大量的植物生长激素，能够刺激和调节作物生长，时期生长健壮，营养状况改善。
三．增强植物抗病虫和抗旱能力
20多年来对有有益微生物研究得比较多的是植物根圈促生细菌的细菌群体，减产PGPR，包括了好多科的多种细菌，由于这个类群的作用是多种多样的，在国内外的生产中也开始应用，有些表现出广阔的应用前景，收到许多国家的重视。
四．减少化肥的施用量和提高作物品质
国外许多研究者在根瘤菌的应用研究中，常常在田间试验中设立减少氮素化肥的对照区，用以说明使用根瘤菌以后由于固氮而相当于减少氮素化肥施用量的多少，不同的菌株施用后，减少氮肥施用量不同，表面了菌株之间在固氮效率上的不同。许多研究证明，施用微生物肥料后对提高农产品品质，如蛋白质，糖，维生素等的含量有一定作用。
