（一） 拌种
加入适量的清水将复合微生物肥料调成水糊状，将种子放入，充分搅拌。使每粒种子沾满肥粉，拌匀后放在阴凉干燥处阴干，然后播种。微生物肥料可在播种之前和其他种肥混匀播下做种肥。
（二） 做基肥
和其他肥料如有机肥，复合肥，土杂肥混匀后撒施，随即翻耕入土以备播种混匀。施入土中做基肥。
（三） 蘸根
大部分在苗床上施用。苗根不带营养土的秧苗移栽时，将秧苗放入用适量清水调成水糊状的复合微生物肥料中蘸根，使其根部粘上菌肥，然后移栽，覆土浇水。当苗根带营养土或营养钵的秧苗移栽时，可进行穴施，把复合微生物肥料施入每个苗穴中，然后将秧苗载入，覆土浇水。
（四） 追肥
1.沟施法
在作物种植行的一侧开沟，距植株茎基部375px，沟宽250px，沟深250px。每亩用复合微生物肥料约2kg，可单独或与追肥用的其他肥料混匀施入沟内，覆土浇水。
2. 穴施法
在距作物植株茎基部375px处挖一个深250px小穴，单独或与追肥用的其他肥料混匀施入穴中，覆土浇水。
3.灌根法
每亩用复合微生物肥料1-2kg，对水50倍搅匀后灌到作物的茎基部即可。此法适用于移苗和定植后浇定根水。
4.冲施法
每亩施用复合微生物肥料3-5kg，随浇水均匀冲施。
