一．理论研究薄弱
目前很多研究仅仅停留在增产原因分析，菌株分离和大田试验方面，对于真正涉及复合微生物肥料及产品中微生物本身等机理问题缺乏了解，研究深度不够，复合微生物肥料大面积推广应用的理论基础薄弱，操作技术不够规范。
二．产品质量有待提高
复合微生物肥料质量问题是制约复合微生物肥料行业的健康发展的一个不可低估的重要因素。复合微生物肥料是农业生物技术产业，技术较为专业，科技含量较高。同时，复合微生物肥料行业是典型的微生物发小行业，设备投资庞大。菌剂生产采用深层好气发酵，需要相应的制冷和供热设备才能保证生长的顺利进行。
我国的微生物肥料生产经历了一个较长的发展阶段，特别是在改革开放后已有较快的发展，但市场仍然没有孕育而成，依然是肥料系列中的一个小品种。农民对复合微生物肥料缺乏相应的了解和认识，复合微生物肥料尚有很大的市场开发潜力。
三．市场管理混乱
十几年来我国复合微生物肥料市场较乱，没有从国家的角度进行管理和质量监督，长期未制定出国家后行业标准，主要问题包括：一是这个行业标准与微生物肥料产品的多种类较不适应；二是产品质量得不到控制，一些有问题后质量不合格的产品堂而皇之地进入市场，从国外引入的一些复合微生物肥料产品许多未经批准，即在国内生产，推广，销售。
四．有些菌种不适用或退化
目前菌种生产存在两大问题，一是有些企业的生产菌种不适合应用，其效果不够稳定。二是菌种退化。菌肥生产的技术主要是细菌肥料，而细菌的自发突变性往往会使细菌的生产性能减弱，加之有很多优良基因易于丢失。一种好的复合微生物肥料产品，生产菌种肯定是优良的，但得到一株适合于工业生产要求的菌种并不是一劳永逸的，需要在生产过程中不断地进行菌株的提纯复壮和筛选，以保证生产除符合要求的复合微生物肥料。
菌株的提纯复壮和筛选是一项技术性强，工作量大，周期长的工作，一般生产企业不具备条件。
