一．筛选适合我国不同地域条件的系列菌种
菌种是核心，一个国家的微生物技术水平，决定其所掌握的菌种数量。土壤微生物具有地区性的生态适应性，我国地域辽阔，南北方土壤和气候特征不同，北方的菌种并不一定适合南方的土壤和气候条件，同样南方的菌种并不一定适合北方的土壤和气候条件。菌种和菌种之间也存在很大的不同。
二．加强基础研究和生产应用研究
复合微生物肥料是农业生物技术的典型产品之一，但是有关菌肥方面的很多基础科研问题现在并不明确。在一种有效菌肥推广应用之前，应该对一下六个方面的问题进行研究：.
（一） 研究所用菌株的生物学特征
如分类学地位，作用机理，生理生化特性或效价、遗传稳定性，基因工程的安全性，菌肥生物体对非目标生物和环境的影响等。
（二） 菌株的存活动态，在根际部位的个体生态行为和竞争能力的研究
异源微生物肥料要首先定殖在农作物根际中并正常发育，而后进行正常的生理生化代谢，才能显现出微生物肥料的效果，这是微生物肥料成功与否的关键。
（三） 剂型效果研究
载体主要是为菌株提供一个生态保护的环境，其中传统的草木灰吸附方法是最为简单和普通的，其效果往往由于生态保护不良而影响菌剂的有效定殖，值得一提的是固定化细胞方法制成的微生物肥料具有较长的存活时间和定殖能力，应用效果良好。
（四） 增产的稳定性试验
现在很多复合微生物肥料均不明确其适用地区和作物，以及应用的土壤和气候条件。多年和多点试验并不充分，因此有必要开展这方面的研究。
（五） 菌株间搭配以及与农药，化肥的相互关系问题
目前大多数应用的菌肥是复合菌肥，而菌株间的配合并不是随意的，菌株间存在拮抗性和竞争性，配合不好，则产品的应用效果不良。
（六） 加强复合微生物肥料的配方研究
复合微生物肥料的配方涉及微生物，有机，无机三元因素，因此该配方比复合肥一元配方和有机无机复混肥二元配方复杂。三元配方的数学组合是七类配方，事实也是如此。即涉及微生物与微生物之间，有机肥与有机肥之间，化肥与环肥之间，微生物与有机肥化肥之间等的七类配方。
三．加强生产和商业管理
复合微生物肥料的生产和销售应根据国家对复合微生物肥料的等级管理制度和农业部有关肥料生产的条例进行
四．制定相应的优惠政策
要积极鼓励科研院对微生物肥料进一步研究和开发，鼓励农民使用复合微生物肥料，重点扶持生产复合微生物肥料的龙头企业，促进全国复合微生物肥料的生产和发展，鼓励企业产品商品化，产品生产标准化，企业高度技术化。
