（一） 均衡增产原则
在一个种植区域内，一般要种植多种作物，且按不同的轮作方法进行换茬种植，而这些作物的栽培都是应人类生活的需要而进行的，所以肥料分配应统筹考虑，全面安排，保证所有作物都增产。当然，在资金，肥料有限的条件下也可根据不同作物的经济地位，产量水平以及市场需求，把肥料重点放在对当地经济，人民生活有重要影响的作物上。
（二） 效益优化原则
在农业生产成本中，肥料投资占农业生产总投资的40%-50%，这一比例还随着投资者的科技水平而发生变化，若是不合理，过多或过少都会造成养分比例失调，导致减产，这一比例就会更大，一般来讲，施肥的经济效益与肥料的增产效益直接相关，而后者与作物种类，土壤类型和农业技术措施关系很大，这都将影响着肥料的经济效益。
肥料投资效益变化的总趋势是，随着肥料用量的增加，边际产量递减，边际利润也在递减，经济效益也递减。所以，当肥料有限时，在保证作物优质，高产的前提下，少量肥料施在较大面积上要比大量肥料集中施在小面积上所获得的经济效益要高。基于上述原因，要改变过去那种好地多上肥，瘠薄地少施肥或不施肥的状况，以充分发挥肥料的增产潜力，提高肥料增产的经济效益。
（三） 用养结合原则
栽培作物必然要使土壤中带走大量养分和消耗土壤肥力。作物在生长期间所形成的全部有机物，其中有70%-90%以收获物及产品的形态移出田外，而以残茬，落叶和根的形式归还于农田中的数量不多，一般仅为10%-30%。
在小麦-夏玉米-高粱两年三熟制种，当经济产量达到13965kg.hm-2，磷酸92.85kg.hm-2和氧化钾376.8kg.hm-2，这些从土壤中取走的大量元素，只有少部分以根茬，落叶等残余物的方式归还在土壤中，为了恢复地利和保持土壤补充阻力的有机肥料和矿质肥料，或者通过种植绿肥作物和合理作来恢复肥力，从而协调好土壤养分，水分，空气和温度的关系。
（四） 可持续发展原则
化肥的施用一方面能维持和提高土壤肥力，使土壤可持续发展，另一方面如果分配不当，施用施用不合理可能会造成硝态氮的富集，重金属的累积等环境污染，导致农产品品质下降，农业成本提高，产量降低和经济效益下降等。
