丛枝菌根，也称泡囊-丛枝菌根。国际上开展对它的研究已有100多年的历史，它是内囊霉科的部分真菌与植物根形成共生体系，这种菌根在自然界普遍存在，已经肯定了至少200个科20万种以上的植物都有丛枝菌根。农作物种如小麦、玉米、棉花、烟草、大豆、菜豆、马铃薯、番茄、苹果、葡萄、草莓、柑橘等都能形成丛枝菌根，最普遍的是豆科和禾本科植物；不能形成或很少形成丛枝菌根的只有十字花科、藜科、石竹科、莎草科、灯芯草科、荨麻科等十多个科的植物。
丛枝菌根的主要特征是在植物根的皮层内有丛枝和无隔菌丝，有的还能产生泡囊，这些结构通过跟段染色后镜检可以观察到，除形成上述结构外，还可产生根外生菌丝，但比较松散，不像外生菌根那样成菌套，外生菌丝的顶端常形成厚垣狍子。
丛枝菌根是植物和真菌的共生体。植物为菌根真菌的生命活动提供碳源和能量，真菌的外生菌丝可以使丛枝菌根扩增根圈的范围，增加了根系对水分的吸收，提高植物的抗旱能力。同时，提高了从土壤中吸收磷素营养的效率，为植物提供更多的磷素营养，另外还可以吸收Zn、Cu、B、Mo、Fe、Mn等微量元素，并输送给寄主植物，促进了植物的生长。丛枝菌根还可以促进根圈范围的其他细菌的生长繁殖，并且菌根形成后某些氨基酸、菌类异黄酮、儿茶酚、还原糖和酶在植物体内的含量增高，这些物质具有抑制病原菌的作用，从而表现出防病效果，尤其对土传病害效果更为明显。
