一，丛枝菌根真菌可以制备新型的微生物肥料、生物调节剂和生物防治剂。它们的作用主要体现在：1，增加宿主植物对磷及其他营养元素如Ca、S、Zu、Cu等的吸收；2，提高宿主的抗逆性，如抗旱、抗寒、抗盐碱等；3，提高宿主的抗病性，尤其对土传病害效果更加显著；4，促进土壤团粒结构的形成起到改良土壤的作用。
二，表现在实际生产中能提高移栽苗成活率，缩短育苗期，提高磷肥利用率，减少磷化肥施用量，降低农业成本投入，减轻化学肥料对环境造成的严重污染，促进水分传导，抗旱节水，提高植物对土传病害的抗性，减少根病，提前开花结果，使果实提早成熟，增加作物产量，改善品质，增加鲜花产量及瓶插寿命。因此，这是一种和当前众多的微生物肥料不同的新型微生物肥料。
三，丛枝菌根真菌还可以改善植物的氮素营养，丛枝菌根真菌植物根系的吸收面积增加，真菌丝可以吸收氮病转移费植物，菌丝可以把吸附在黏土矿物上的不能移动的氨传递给植物的根系。用15N同位素踪技术证实丛枝菌根真菌能直接吸收运转氮，并且从枝菌根真菌与根瘤菌之间有互利作用，可以促进豆科植物结瘤和固氮作用，增加固氮菌的固氮速率从而获得更多氮素，丛枝菌根真菌还可以通过菌丝桥将大豆固定在氮转移给玉米，显著增加玉米植株的生长和氮素营养的供应。
