一，滴头堵塞
施用过程中若管理不当，极易引起滴头的堵塞，滴头堵塞主要是由悬浮物、不溶解盐、铁锈、其他氧化物和有机物引起的。滴头堵塞主要影响滴水的均匀性，堵塞严重时可能使整个系统报废。
二，盐分积累。
在干旱地区采用含盐量较高的水灌溉时，盐分会在滴头湿润区域周边产生积累。这些盐分易于被淋洗到作物根系区域，当种子在高浓度盐分区域发芽时，会带来不良后果。但是，这种现象在雨水较多的南方则基本不存在。
三，影响作物的根系分布。对于多年生果树来说，滴头位置附近根系密度增加，而非湿润区根系因得不到充足的水分供应其生长会受到影响，尤其是在干旱半干旱地区，根系的分布于滴头位置有很大关系。少灌勤灌的灌水方式会导致树木根系分布变浅，在风力较大的地区可能产生拔根危害。
四，投资相对较高。与地面灌溉相比，滴灌一次性投资和运行费用相对较高，其投资与作物种植密度和自动化程度有关，作物种植密度越大，则投资越高，反之越小；自动化控制增加了投资，但可降低运行管理费用，选用时要根据实际情况而定。
