一，丛枝菌根对有机烃类污染土壤的修复
多环芳烃通常指含有2个或2个以上苯环以线状、角状或簇状排列的稠环化合物。在污染的土壤中，它是一类广泛分布的有毒污染物，主要来源于有机物的不完全燃烧或热解过程。丛枝菌根很可能使从通过影响宿主的营养状况而提高宿主对PAH的抵抗力、促进PAH的降解等多个途径发生作用。
二，丛枝菌根对酞酸酯类污染土壤的修复
酞酸酯类是约30种化合物的总称，一般为无色油状粘稠特体，难溶于水，易溶于有机溶剂，常温下不易挥发，主要用作塑料地膜和香蕉的增塑剂，少量用于生产化妆品、涂料、香料、农药载体、驱虫剂等。PAE在环境中的散布越来越广，如大气、土壤、水体、生物体等均已被检出有不同浓度的PAE。PAE具有降解速度慢、降解途径少、生物体对其富集作用强，具有致畸、致突变等特点。研究丛枝菌根对菌根际、菌丝际和常规土土层中不同浓度的DEHP（2-乙基已基酯）降解的影响。结果表明接种丛枝菌根真菌促进了DEHP在上述三种土层中降解，说明菌丝在DEHP降解和转移过程中起了重要作用。但其具体作用原理尚需进一步研究。
三，丛枝菌根对石油污染土壤的修复
石油是链烷烃、环烷烃、芳香烃以及少量非烃化合物的复杂混合物，这些物质毒性大，有的有致癌、致突变等作用，因此被列为重要污染物。石油对土壤土壤主要是破坏土壤结构，影响土壤通透性，损害植物根部，阻碍根的呼吸与吸收，最终导致植物死亡。其次，污染物进入食物链造成人体损伤。菌根菌丝团通过形成微生物薄膜支持形态多样的细菌群，能间接促进石油的降解。
四，丛枝菌根对退化土壤生态系统的修复
在退化红壤坡地上生长的大多数杂草中，均不同程度感染上菌根，说明大多数杂草均有菌根真菌的宿主，因而在回复退化的生境中，菌根真菌帮助竹屋定植的生存。丛枝菌根是植物群落演替过程中的一个极为重要的方面。在湿润的热带，受干扰的生态系统的恢复是由兼性菌根营养的植物最先在受破坏的环境中定居，然后再逐步被菌根营养的植物取代而发展为顶级生态系统。由于土壤退化过程中丛枝菌根收到影响，人们提出了使丛枝菌根重新定植的方法，以促进理想植物菌落的恢复。主要的方法有：
1，接种。许国研究都表明通过接种菌根真菌，可以使土壤菌根真菌得到恢复。如将灌丛滨藜一株株地接种，然后定植在受扰动的干旱土壤中取得了成功；
2，土地管理。在如让退化和扰动尚未出现的情况下，恰当的土地管理是保存丛枝菌根真菌和保护植物生长最有效的方法。含有中等至高水平有机质的土壤可以促进菌根的建立和利于它的持续存在，连续的植被覆盖可谓丛枝菌根真菌存活持续供给充足C源。此外，在采矿废岩堆上保留和覆盖表土对重新定制丛枝菌根和所需的植物特别有效。据报道，被扰动的土壤重新覆盖表土之后，侵染频率和孢子数目在3年内可恢复到未受干扰土壤的50%以上，而未保存表土的地方，则未观察到丛枝菌根真菌，也无丛枝菌根杂草；
3，保持植物多样性。保持植物（包括杂草）的多样性有利于菌根的繁衍和生存。
