一，对水质要求较高。水中的悬浮物等容易造成微喷头的堵塞，因此为避免微喷灌系统的堵塞和保持作物叶面干净，必须对灌溉水进行过滤，特别是采用硬质水源时，一定要对水源进行严格的精华过滤甚至软化处理后才能使用。
二，田间微喷灌易收到杂草、作物茎秆的阻挡而影响喷洒质量。
三，灌水均匀度受风影响较大。在大于3级风的情况下，微喷水滴容易被风吹走，灌水均匀度降低，一般不宜进行灌水。因而微喷头的安装高度再满足灌水要求的情况下要尽可能低一些，以减少风对喷洒的影响。
四，一次性投资较大。微喷灌系统属于加压灌溉系统的一种，它的使用设计动力系统，加上在田间需要大量的管材等，一次性投资相对较高。
五，有可能增加作物病害。对于处于相对封闭环境的温室、大棚生产而言，完全依靠微喷灌进行灌溉，有可能使温室、大棚中的湿度过高，若管理不善，有可能会增加作物的病害。
