菌根作为微生物肥料、生物调节剂和生物防治剂对促进植物生长、农业生态系统稳定和农业可持续发展的重要作用已被广泛认同，并在农业生产上有广阔的应用前景。
AM菌剂在西瓜等高经济价值作物上的成功应用，表明选择有效剂型的AM菌剂用于园艺作物大田生产时可行的。同时也标志着AM真菌走向保护地、走向大田的时代已经到来。挖掘生物活化、利用土壤磷库等养分的潜力，活化难溶性营养元素，提高其利用率，AM菌剂将发挥其应有的作用。
我国地大物博，资源丰富，同时又面临土地瘠薄、缺肥少水的局面，这就为AM菌剂应用提供了用武之地。尤其是对于高经济价值作物的保护地种植模式，推广AM菌剂的经济和生态效益更大。
世界各国在AMF研究方面投入了大量人力、财力、物力，今后除了较强对菌根分类、生理生态等基础方面的研究外，在菌根应用方面应在以下几个方面予以加强：1，菌根一植物互惠共生的条件。研究使植物在最大限度上收益的调控因素，比如最佳接种时期和最适接种剂量的研究，以及生态条件和跟做方式对菌根的发育和效果的影响等；2，优良菌株的筛选、培育和评价体系。通过常规和非常规方法培育出适合沙漠、盐碱土、冻土、黄土高原、沼泽地、工业严重污染地区应用的菌根真菌。建立菌根真菌基因库；3，菌根化苗木培育体系和菌根菌在田间的大面积推广应用。应优先考虑针对一些珍贵、稀有树种、速生树种、沙漠造林树种及果树、花卉、绿肥作物等的应用研究；4，AM菌对植物的作用效果、作用机理，以及AM菌同其他土壤微生物的相互影响和作用。目前，世界范围内对AM菌的研究处于一种极其活跃的状态中，对其生态、生理学，新技术的应用等方面均有大量报道。可以预见，AM菌应用技术将逐渐会成为普遍的商品化措施，成为今后农业生产中不可缺少的一项生物技术。
