诱变育种一般包括诱变和筛选两个部分，诱变部分成功的关键包括出发菌株的选择、诱变剂种类和剂量的选择，以及合理的使用方法。筛选部分包括初筛和复筛来测定菌种的生产能力。诱变育种的诱变和筛选过程的不断重复，知道获得高产菌株。
1，出发菌株的选择
用来进行诱变的出发菌株的性能对提高诱变效果和效率十分重要。选择出发菌株应注意，诱变出发菌株应有一定的目标产物的生产能力。其他生产性能有生长繁殖快，营养要求低，对诱变剂敏感，变异幅度大等。还必须了解作为诱变的出发菌株的产量、形态、生理等方面的情况。可选择已经过诱变处理的菌株，因为这样的菌株对诱变剂的敏感性会有所提高。
2，诱变剂的使用方法
在微生物诱变育种中，诱变的方法有单一诱变剂处理和复合诱变剂处理。复合诱变剂处理是指用两种以上的诱变剂处理菌种。对野生菌株单一诱变剂处理有时也能取得好的效果。但对经过多次诱变处理的老菌种，单一诱变因素重负处理，效果甚微，可以采用复合诱变剂处理来提高诱变效果。
复合诱变处理包括同一诱变剂多次处理，两种以上诱变剂先后分别处理和几种以上诱变剂同时或多次处理。
3，诱变剂的剂量选择
对于不同的微生物使用的剂量不同，诱变剂的剂量与致死率有关，而致死率又与诱变率有一定的关系。因此可用致死率作为诱变剂量的选择的依据。一般来说，诱变率随诱变剂的增加而提高，但达到一定程度以后，再提高剂量反使诱变率下降。因此，近年来已将处理剂量从过去的致死率99%-99.9%降至70%-80%，甚至更低，但诱变剂剂量也不宜过低。高剂量诱变剂可导致一些细胞的细胞核发生变异，也可使另一些细胞核破坏，引起细胞死亡，形成较纯的变异菌落。并且高剂量会引起细胞以遗传物质发生难以恢复的巨大损伤，促使变异菌株稳定，不易发生回复突变。
