一，菌种的获得
生产微生物肥料所需要的菌种，可以直接向有关部门索取，也可以根据实际情况自行分离筛选。
菌种是微生物学工作者的重要研究对象和材料，是进行科学研究和工农业生产的宝贵资源。而具有有优良性状的菌株更是来之不易，若让菌株的优良性状持续稳定地保持下去，则有许多具体的工作要做，如采取措施防止菌种退化；及时对退化的菌种进行复壮；选择最优的菌种保藏方法等。
对于菌种的退化，最易观察到的是菌落和细胞形态的改变，如分省孢子减少或颜色改变；放线菌或霉菌经国瓷传代后在斜面上产生“光秃”型；菌体生长缓慢，产孢子数量下降等。
菌种的衰退是发生在细胞群体中一个由量变到质变的逐步演变过程。起初在细胞群体中出现个别的发生负变的菌株，这时如未及时发现并采取有效的措施，而一味地移种传代，则群体中这种负变个体的比例逐渐加大最后占据了优势，使整个群体发生严重的退化。开始纯在菌株实际上也存在着不纯因素，同样，到了后来，整个菌种虽已退化，单其中也还有少数尚未退化的个体存在。对于菌种退化实质的了解，有助于提出防治衰退和进行菌种复壮的方法。菌种退化主要有两个原因：1，是菌种发生了自发突变。还有很多情况是由于选育的菌种发生了回复突变造成的结果；2，是菌种的个体发生了分离现象。由于高产突变是发生的一个核和一条DNA链上，随着细胞分裂，出现了基因分离。根据以上菌株退化的原因，可以制定出一些防止退化的措施。
二，菌种的检验
在肥料生产前应检查菌种的纯度。根据菌种的培养特征检查原始菌种的纯度，再制片染色镜菌体形态及有无杂菌。镜检时如有性状大小不一、染色反应不同的菌，即为杂菌。如果检验是纯培养后，才能作为菌种保存和使用。如果不纯，在必要情况下可按一定方法进行纯化。
