渗灌系统中渗水管出水口孔径一般都很小，一般水源中都不同程度的含有各种污物和杂质，即使水质良好的水，也会含有一定数量的沙粒和可能产生化学沉淀的物质。因此，对水源进行净化处理时渗灌系统中必不可少的部分，是系统正常运行的关键部位。
水源中所含的污物和杂质一般有有机质和无机质两大类。有机质杂质主要包括动、植物残骸及细菌。无机质杂质主要是由河道、井底带出的沙粒。随着社会的发展，目前，化学污染已愈来愈严重，在灌溉水中处理化学污染显得十分重要。
有机质杂质、化学污染杂质的处理方法是在灌溉水中加入某些化学药剂中和溶解杂质。采用的办法是氯化处理和加酸处理。氯化处理可以杀死水中藻类真菌和细菌等微生物。加酸处理可防治可容物沉淀，同时可以一直灌溉水中微生物的生长。
对无机质杂质的处理常用工程措施。对漂浮物可采用拦污栅、拦污筛，防治泥沙可采用沉淀 池、沉沙条渠、水砂分离器、砂石过滤器、滤网式过滤器等。
1，拦污栅 拦污栅主要用于河流、水库等含有大量大体积漂浮物的灌溉水源中，如拦截枯枝、残叶、杂草和其他较大的漂浮物等。拦污栅可防止上述杂质进入沉淀池或其他过滤设备中。拦污栅构造简单，工程上一般用园钢或扁钢做成15cm*15cm的方根，也可以根据工程实际情况自行设计。
2，拦污筛 拦污筛是安装在水泵进口处的一种网式拦污设施。拦污筛一般用浮筒固定在水泵吸水管进口周围，筛网把污物拦在网外，水泵从筛网中抽取清水。另外，必须设一条分水管从供水管中引出一部分水送回到筛网中的冲洗旋转臂中，通过旋转臂中的冲洗刷喷射到筛网上，将附着的筛网上的污物向外冲开。
3，沉淀池 沉淀池是一种经济有效的水处理设施，对沙粒、淤泥、悬浮固体污物净化处理效果较好。工作原理是通过重力作用，使水中污物在静止的水体中自然沉入水底达到净化效果。但仅能作为初级过滤器施用。
4，水砂分离器 压力水流由进水口以缺陷方向进入旋涡室后，开始作旋转运动，并通过旋涡室内壁上的切向速孔使水流进入分离室，水流在分离室内除作平面旋转运动外，同时在重力作用下逐渐下沉，使污物汇集到储污室。水砂分离器的主要优点是能连续过滤高含砂的灌溉水，但不能清除灌溉水中密度小于水的密度的污物，特别是工业水污染物，因此亦只能作为初级过滤设施。
5，砂过滤器 砂过滤器是以砂作为过滤介质，具有较强的除污能力，是清除灌溉水中污物的理想设备之一。
6，滤网过滤器 滤网过滤器是一种简单而有效的过滤设备，主要用于过滤灌溉水中的粉粒、砂和水垢等污物，对有机质的过滤效果较差。
