在固氮菌、磷细菌、钾细菌等菌剂中加入4%的蜜糖、2%的麸皮可显著提高产品的保存期。在同等条件下，固氮菌的保存期可提高在12个月以上，磷细菌的保存期可提高1倍以上；在以未灭菌的草炭作载体的微生物制剂中，同时添加4%蜜糖、2%的麸皮及2‰----4‰苯甲酸钠、0.5‰--1‰的多茸灵，与对照相比，产品的保存期可提高50%以上。
粉粒状菌肥产品的储存形式与规模、物料特性及产品本身状态 等有关。通常可分为散状储存和包装储存两种形式。微生物肥料固体菌剂包装材料用聚乙烯薄膜袋包装，外用纸箱包装。液体菌剂小包装用玻璃质疫苗瓶或塑料瓶，外包装纸箱。颗粒苗及用编织袋内衬塑料薄膜袋包装，袋口需密封牢固。
包装箱（袋）上应印有产品名称、商标、标准号、生产许可证号、生产厂名、厂址、生产日标、标准号、有效细菌含量、研制、生产单位、产品性能及使用说明。生产出来的微生物肥料应在避光、滋阴、低温的环境下保存，包装上保证菌肥袋子完好无损，在仓库中用隔板架起来，防治受潮。保证不受热，不受潮，阴凉干燥通风，此外，微生物肥料不能与农药、化肥混存，不能使其发霉变质。
