保证微生物肥的质量，以下是影响微生物肥效果最主要的因素。
首先，要选侵染力强、结瘤率高、固氮效率高、适应性广的优良菌株，特别是选择能适应当地气候、土壤和作物特点的有效菌株做菌种。
其次，制备微生物肥要保证每克成品含3亿以上的活菌数，水分含量应为20%---30%，防治杂菌污染。用含有腐殖质的接种剂接种的菌种可以有效地维持活菌总数，便于储藏。微生物肥最好在低温（12℃一下）储藏。用蛭石作菌剂的吸附材料，室温储藏一年菌数仍可保持10^8--10^9个菌/g菌剂，比草炭的高1-2倍。
再次，微生物肥在储存过程中要保证不受热、不受潮、阴凉、干燥、通风、菌肥不能和农药、化肥混存，不能使其发霉变质。
最后，使用时要选新鲜微生物肥，杂菌数不超过10%。干燥或生霉、变酸、发臭的菌肥都不能使用。微生物肥的有效期一般为半年，过期的效果较差，储存期超过一年的微生物肥不能使用。
满足根瘤菌核豆科植物共生固氮的条件 土壤水分时植物生长和根瘤形成的重要条件。水分不足会影响作物生长和根瘤菌活动，严重的还会影响根病菌的生存；水分过多会影响通气，对根系发育和根瘤菌生长都不利。土壤含水量保持在田间持水量的60%--80%时，对作物生长和根瘤的形成都比较有利。根瘤菌是好氧性微生物，通气良好对根系生长、根瘤菌活动和固氮都很有利。要及时排灌，适时中耕。温度也是影响固氮作用的重要条件，根瘤菌较耐低温，对高温非常敏感，50℃以上不能存活。紫云英根瘤菌结瘤的适宜温度为20-24℃，高于25℃结瘤率显著下降。根瘤菌对土壤酸碱度比较敏感，土壤pH为6.7--7.5时最适宜结瘤，pH低于4.6或高于8.0时都会严重影响结瘤，因此，土壤酸性或碱性过大的要改良。酸性土施用石灰能显著提高结瘤率。土壤盐分量也会影响结瘤，盐分量达0.1%时，紫云英根瘤不能形成。磷、钾、钙、硼、钼等都是作物生长和根瘤形成的重要营养元素，这些元素充分供应可促进根瘤的形成，提高固氮能力。
