生物农药在我国虽有很大的发展，但在思想观念、基础研究、产品开发、生产管理、质量控制、市场流通等诸多环节还有待改进。主要表现字：对生物农药的认识不够，投入经费不足，研究力量分散，低水平的重复开始；研究项目虽然不少，但真正能进入产业化的不多；仿制产品多，有知识产权的少；举出研究薄弱，新产品开发的后劲不足。在产业化种，企业规模小，重复建设多，多数厂家技术落后，产品质量不稳定，市场混乱，缺少严格的质量监督体系，劣质产品鱼目混珠，影响了生物农药的信誉。
一，生产工艺落后、技术力量等条件不具备。
绝大多数省去农药企业均由化学农药生产厂转化而来，或在原化学农药生产企业中设立生物农药车间、分厂，大多数是一些产量较低的小厂，生产工艺落后，技术力量等条件不具备，产品质量不稳定、体现不出生物农药技术的优势。
二，生物农药稳定性差。
特别是以活体微生物为有效成分的产品，生物活性下降很快，产品的质量保证期短，必须在制剂中加入适宜的助剂和选用合适的剂型，来增强这类农药抵御外界环境如温度、湿度、光照等的影响，延长产品的使用寿命，保证其防治效果。
三，以化学农药来冒充生物农药。
由于生物技术的兴起和过分渲染，使生物农药企业出现鱼目混珠的现象，加上国家管理上出现真空，这种现象越演越烈。许多非生物农药产品被冠以生物农药、绿色农药、环保农药的名称。许多企业在其申报的生物农药登记后，在生产的产品中加入大量的化学农药成分，甚至没有生物农药成分，纯粹以化学农药来冒充，更有甚者，两类成分都不含有，为了自身的利益而欺骗消费者。
四，防治效果缓慢。
生物农药防治效果缓慢，品种专一性强，杀虫、杀菌范围窄，在一定程度上也限制了生物农药的快速发展。目前，农业技术服务体系不健全、经费短缺，不可能及时对一家一户农民进行防治指导，往往植物病虫害发生以后才进行防治，导致生物农药体现不出良好的防治效果。售价偏高，也影响了消费者使用的积极性。
五，使用技能未掌握。
生物农药是今年来开发生产的富含高新科技的新农药，由于生物农药防虫治病的药理效能及使用技术比较严格，许多农民因缺乏基本的施用技能而影响生物农药 施用效果和普及推广。缺乏生物农药基本使用技能是制约生物农药推广普及的第一道“栏杆”。
六，种田成本难“降低”。
生物农药与高度农药介个相比有一定的差距。若施用生物农药防虫治病，势必增加种田陈本，而种田成本的增加又会增加农民的“经济负担”，因此，农民为了降低成本和自行“减负”，大多数农民不愿意使用生物农药。
七，产品价格无优势
当期农产品市场存在着同价不同值，部分消费者不接受绿色农产品优质优价的这一现象，在某种程度上也地址和搓伤了弄明使用生物农药的积极性，这是影响生物农药快速推广普及的又一“桎梏”和“樊篱”。
八，效益提高不明显
今年来，随着市场化机农业产业化进程的不断加快，在经济利益驱动这一市场规律的作用下，生物农药在农业生产中的推广和应用也难免不受冲击。在农业生产中，施用高毒并不会减产减收，而使用生物农药也并不见得能增产增收；施用生物农药生产的“绿色”农产品在市场上并不一定能卖出好价钱，这也是制约生物农药推广普及的“栏杆”。
