南瓜对养分的吸收量是钾＞氮＞钙＞磷＞镁。而且不同时期对养分的吸收量不同。南瓜对钾、氮和钙的吸收量在生育中期以前相差不多，而且均呈逐渐增加的趋势；从果实膨大期开始吸收量急剧增多，但增加量顺序为钾＞氮＞钙。从生育前期到生育后期，南瓜对磷和镁的吸收量，一直在缓慢增加。
南瓜果实大容易产生果坠秧，所以在雌花出现前保证营养体的健壮生长时高产的物质基础。另一方面南瓜为深根性吸肥力强的作物，高肥尤其是高氮肥又易导致茎叶过于繁茂生长。所以，为了保持营养生长和生殖生长平衡，应当在充分了解土壤条件和品质特性的基础上再确定施肥量。
在有机质少，保肥力差的砂质土壤中，要施用大量堆厥肥，并以基肥为主，这会不断地提高土壤中的有机质含量，增强土壤的保水保肥能力；而对于有机质含量高的肥沃土壤则要少施基肥，采用以追肥为主的培肥管理形式。磷、钾肥最好作基肥或定植时作基肥施入。
南瓜的追肥一般在定植缓苗后进行一次，一般施硅酸盐细菌肥用量的1/3，在植株根际作轮状施用。从雌花现蕾到第一雌花坐果这段时间应注意蹲苗，控制施肥。当根瓜明显的绒毛退掉长至月6-250px长时再追施1次微生物肥，并加强灌水，以促进果实的膨大生长。以后当第三、四个瓜坐果后再追肥1次，防治植株早衰，保证果实发育的养分供应。
