真菌除草剂是利用病原微生物可以引起植物致命性病害的作用，如炭疽病、萎蔫并、枯萎病及叶斑病等。真菌除草剂的作用方式是以孢子和菌丝等直接穿透寄主表皮，进入寄主组织产生毒素，使杂草发病并逐步蔓延，影响杂草植株正常的生理状况，导致杂草死亡，从而控制杂草的种群数量。
常见除草剂品种：
1，真菌制剂Devine 它采用棕榈疫霉厚垣孢子制备的悬浮剂，作为世界最早的微生物除草剂，用来防除柑橘园及其他多年生作物田中的莫伦腾。
2，真菌制剂Collego Collego是胶孢炭疽菌合萌专化型制剂，用来防除水稻与大豆田的杂草田皂角。病原物产生炭疽病斑，对杂草专一，用喷雾器对叶面作常规喷雾即可。喷洒后渗入植物角质层，造成植株死亡。
3，真菌制剂Biomal 它是一种胶孢炭疽菌锦葵专化型的干粉状制剂或孢子悬浮剂，用于防除园叶锦葵。
4，胶孢炭疽菌 胶孢炭疽菌商品名称为鲁保一号。它是寄生在菟丝子上的一种毛盘菌属炭疽病，是防治菟丝子的微生物除草剂。
5，真菌制剂Biochon Biochon是木本杂草的腐烂剂。它能够控制野黑樱和多种模板杂草的萌发和生长，用于防止伐树树根再生；其作用原理是病原菌在树内繁殖并扩散至维管系统而阻断导管使植株死亡。
6，真菌制剂Dr.Biosedge Dr.Biosedge为纵沟柄锈菌的夏孢子制剂，有粉剂和颗粒剂型，用于防治稻田中的油莎草。其作用原理是在早春施用锈菌除草剂，通过抑制杂草的开花而控制杂草植株的增加和杂草新块茎的形成。
