生物肥料的种类较多，按照制品中特定的微生物种类可分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料；按其作用机理分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、硅酸盐菌类肥；按其制品内所含分为单一的微生物肥料和复合微生物肥料。复合微生物肥料又有菌、均符合，也有菌和各种添加剂复合的。
我国目前市场上出现的品种主要有：固氮菌类肥料、根瘤菌类肥料、解磷微生物肥料、硅酸盐细菌肥料、光合细菌肥料、芽孢杆菌制剂分解作物秸秆制剂、微生物生长调节剂类、复合微生物肥料类、与PGPR类联合使用的制剂以及AM菌根真菌肥料、抗生菌5406肥料等。
按生物肥料的功能，可将其分为以下几类。
1.具有固氮能力的生物肥料。这类生物肥料中以固氮微生物为主，通过其中固氮的作用，将空气中的N2还原为可被作物吸收利用的NH3。固氮生物肥料不及共生固氮菌的效率高。但共生固氮有寄主专一性，故一定的根瘤菌不受这些因素的限制，相对来说，其生产和使用很方便，自生固氮菌的种类很多，期间的生态差异很大，有好气性、厌气性的、兼厌气性的，也有光合固氮细菌，还有与植物的关系较密切，具有一定程度专一性的联合孤单细菌。利用生物固氮作用，不仅大大节约了工业能用，也减少了氮肥生产和使用中对环境的污染，并使氮素的利用效率提高。
2.分解有机物的生物肥料。只利用微生物分解土壤中有机物质，并提供作物养分的生物肥料。此类肥料如有机磷细菌肥料、综合细菌肥料等，但目前的有机磷农药残留物分解，从而达到净化土壤的作用。
3.分解难容矿物的生物肥料。只利用微生物对土壤中难容矿物的分解作用，为作物生长提供养分的生物肥料。此类生物肥料在20世纪80年代中期、后期应用较多，如归属铵盐细菌肥料，无机磷细菌肥料。这些微生物可分解土壤黄总某些原生、次生矿物，并同时将这些矿物所固定的养分释放出来。但由于此类微生物对环境较敏感，加之土壤矿物类型复杂等原因，故其表现时好时坏，这也是导致其目前应用较少的重要原因。
4.抗病、刺激作物生长的生物肥料。指利用某些微生物的代谢产物对作物生长具有刺激作用的生物肥料，如“5406”菌肥、G4放线菌制剂等。他们除刺激作物的生长发育外，还具有一定的提高作物抗病能力等效果，但由于对提高土壤养分等方面的作用相对不大，使其应用范围受到限制，故目前应用不多
