一，改善作物的品质/提高作物的产量
微生物肥料可将无机元素转化为有益植物生长的有机化合物,改善土壤氧化还原条件,减低氮素脱氧和氧化过程,从而降低硝酸盐含量.多项试验表明,施用生物菌肥,蔬菜硝酸盐含量减少25.44~4.3mg，平均降低19.09%；维生素C含量平均提高9.96mg;糖分含量平均提高0.66mg。施生物菌肥的稻米蛋白质比对照组提高0.05%~0.65%。植物根际促生细菌是微生物肥料的生命力所在，其促进植物生长的基质是产生生长素、抑制病原菌、根际固氮和分解难溶性磷钾元素等。
二，降低了生产成本
据有关报道，用哈伯式制氨发合成氨时，没制造含1KG纯氮的肥料并输送到用户，其所消耗的燃油约为1.5kg，而固氮生物能直接或间接利用光能生产氨，且这种生产是就地发生的，不仅节约了肥料生产所需的能源和劳动力，而且又不比化肥将所生产的肥料运往田间撒施的代价，同时也节省了建造化工厂的费用等，可谓是一举多得。多磷、钾矿的开采也是一样，开采磷钾矿不仅需要花费很大的劳动力，也要消耗大量能源，酸制法生产磷肥还要消耗大量的硫酸等，占用很大的场地，在肥料的搬运种也将消耗掉大量的能量。由于氮、磷、钾肥生产成本很高，使得农民没施用1kg纯氮、就分别约需花费4.00元，同时，农民将肥料买回家后，还必须花大量的劳动力将其运到田间并施用农田中。
三，有限地利用了大气中的氮素或土壤中的养分资源
据有关资料估计，全球每年生物固氮作用所固定的氮素大约130*10的9次方kg每年，而工业和大气的固氮量则少于50*10的9次方kg每年，既依靠生物所固定的氮素是工业和大气固氮量的和的2.6倍，因此，开发和利用固氮生物资源，是充分利用空气中氮素的一个重要方面。从目前的研究结果来看，虽然微生物的固氮效率因土壤条件的不同而有较大的差异，但这种作用的存在无疑是氮素肥工业的一个有力补充。作物对土壤中磷、钾等矿物养分的利用能力较差，且磷钾等肥料的利用率也较低，据有关研究结果哦，磷肥的当季作物利用率大多不到20%，钾肥的没当季作物利用率一般也在40%一下，从我国目前情况来看，磷肥资源严重不足，特别是钾肥大量依靠进口，所以，如何将土壤中的无效态磷钾转化可转化成可供作物吸收的有效态养分，抑制为广大研究者所关注，生物肥料的应用，无疑为其提供了前提条件。
四，减少了环境污染
当前，施肥所导致的环境污染问题已越来越受到人们的广泛关注。据有关资料统计，在我国主要湖泊的富营养化中，来自农业非点源污染的影响甚至超过了工业污染。化肥施用土壤后，除被作物吸收利用的部分外，还有相当部分通过渗透、挥发及硝化与反硝化等途径损失，因此将不可避免地导致对大气、水体及土壤等环境的污染，在能量和经济上也是一种浪费。而施用生物肥料如固氮类生物肥料，不仅可适当减少化学肥料的施用量，而且因其所固定的氮素直接储存在生物体内，相对而言，对环境污染的机会也就小得多。
五，能在一定程度上改善土壤的理化性质
使用生物肥料，由于减少化肥对土壤养分、结构等方面的不良影响，同时又使微生物的活动能力得到增强，所以子啊一定程度上改善了土壤的理化性质，并提高了土壤中某些养分的含量和有效性。同时使用生物肥料还可以促进土体“三化“的形成，即使土壤腐殖酸含量明显提高而达到”腐殖化“、形成多功能的生理群微生物区系而达到“细菌化，显著改善土体结构使水、气通畅而达到“结构化”。目前应用最多的是根瘤菌肥、固氮菌肥和固氮蓝藻等。
