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在有机肥料中加入特定功能微生物复合而成的肥料叫生物有机肥料。与通过自然发酵(腐熟)所制成的有机肥料相比，生物有机肥料除了含有较高的有机质外，还含有具特定功能的微生物，这是此类产品的本质特征，所含微生物应表现出一定的肥料效应，是经过特定工艺加入的微生物菌，每克生物有机肥料产品中的有效活菌数必须不小于2000万个。
在草炭等物料中吸附大量活的微生物菌液，加工而成的特殊肥料叫生物肥料。这类肥料施入土壤中，大量活的微生物在适宜条件下能够积极活动，提供作物需要的营养物质或产生激素来刺激作物生长，这与其它有机肥料和化肥的作用在本质上是不同的。生物肥料的种类
很多，现在推广应用的主要有根瘤菌类肥料、固氮菌类肥料、解磷解钾菌类肥料、抗生菌类肥料和真菌类肥料等。根据我国农业行业标准NY 227-1994规定，液体生物肥料每毫升应含5亿～15亿个活的有效菌。固体生物肥料每克含活的有效菌为1亿～3亿个，含水量20%～35%为宜，吸附剂细度在0.18mm左右，吸附剂的细度越细吸附的有效菌就越多。PH=5.5~7.5，杂菌率低于15%~20%，不含致病菌和寄生虫，有效保存期不低于6个月。
有机肥料标准(NY525-2002) 规定了有机肥料的技术要求、试验方法、检测规则、标识、包装、运输和贮存，适用于以畜禽粪便、动植物残体等富含有机质的副产品资源为主要原料，经发酵腐熟后制成的有机肥料。此标准不适用于绿肥、农家肥和其它农民自积自造的有机粪肥。也就是说，国家把有机肥和有机粪肥区别开了。
有机肥料(organic fertilizer)(NY525-2002)把有机肥定义为主要来源于植物和(或)动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。外观为褐色或灰褐色，粒状或粉状，无机械杂质，无恶臭。有机肥料的技术指标应符合表1的要求。
表1 有机肥料的技术指标
有机肥料中的重金属含量、蛔虫卵死亡率和大肠杆菌值指标应符合GB 8172的要求。
中华人民共和国农业行业标准(NY 884—2004)规定生物有机肥指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。要求使用的微生物菌种应安全、有效，有明确来源和种名。外观(感官)为粉剂产品应松散、无恶臭味;颗粒产品应无明显机械杂质、大小均匀、无腐败味。生物有机肥产品的各项技术指标应符合表2的要求。
表2生物有机肥产品技术要求
生物有机肥产品中As、Cd、Pb、Cr、Hg含量指标应符合NY/T 798—2004中4.2.3的规定。若产品中加入无机养分，应明示产品中总养分含量，以(N P2O5 K2O)总量表示。
这就说明：生物有机肥是在的有机肥基础上，通过添加具有特殊功能、安全、有效，有明确来源和种名的微生物菌种复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
但是，有些有机肥菌种生产厂家有意模糊生物有机肥和有机肥的区别，把经过有机物料腐熟菌高温发酵的有机肥称作生物有机肥，把经过有益微生物常温发酵，有益微生物和有害微生物、病虫害、草种可能共生的有机粪肥称作生物有机肥，向广大有机肥厂家或养殖场作误导性宣传，这是有悖科学的。如果真如其所言，可以把国家权威部门的检测报告放在网上，以证明他们的产品可以一步到位，达到NY884—2004标准的生物有机肥。
总之，精制生物有机肥是指通过物理方法将畜禽粪便中的水分降低而制成的成品有机肥料。二者之间的区别：一是微生物的有无。生物有机肥内含有多种有益微生物，而有机肥经过高温处理，所有微生物基本被杀死.难以为土壤提供有益微生物。二是养分不同。有机肥通过高温处理，养分受高温损失较多。三是效果不同。有机肥只是通过热空气减少产品中的水分，没有经过腐热，直接使用容易烧根烧苗。四是气味不同。有机肥通过干燥处理，除臭效果不理想，返潮即发出恶臭味，而生物有机肥可将尿酸变成菌体的尿蛋白，从根本上消除了臭味。
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