迷你黄瓜的病虫害与普通黄瓜基本相同，防治方法也相同。在目前生产中，发生较严重的病害主要是枯萎病、白粉病、霜霉病等，虫害主要是蚜虫和白粉虱。由于迷你黄瓜主要是生食，进行病虫害防治应以综合防治、预防为主。在坐瓜期要尽量少打药、不打药。
枯萎病的防治主要进行轮作，使用滴灌和嫁接，严重时可用多菌灵、甲基托布津、敌克松等药剂防治。白粉病可用粉锈宁、敌菌酮、代森锌等药剂防治。霜霉病可用百菌清、多菌灵、瑞毒霉等防治。
白粉虱可释放丽蚜小蜂等进行生物防治，也可用扑虱灵、速灭杀丁、功夫等农药进行药剂防治。蚜虫可用黄板诱杀、施用Bt乳剂及辟蚜雾、抗蚜威等农药进行防治。
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